هناك طريقتان أساسيتان لحفر الأنفاق تحت الماء من دون مواجهة مشكلة الطوفان وانهيار الجدران.

وكان النظام الذي بني به نفق (التيمس) في منتصف القرن التاسع عشر يضمن بأن ضغط الهواء في داخل النفق يزيد على ضغط الماء في خارجه، مما يحول، بدوره دون طوفان الماء فيه، وتكون الخطوة الأولى بإغلاق أطراف النفق ببوابات ضخمة محكمة الإغلاق.

ثم توضع الأدوات الضرورية، مثل الدروع، والأجهزة الناقلة للركام، وبخاصة العربات وأبواب الفصل، بداخل النفق؛ فيها بتحرك العمال فيه مجيئأً وذهاباً، بعد المرور طبعا بغرفة تعديل الضغط. ويتم ضخ الهواء في النفق حتى يصبح الضغط في الداخل أعلى منه في الخارج.

وبالإضافة إلى ذلك، فإن جدران النفق تطل بالأسمنت، وبالسوائل الحُمرية، ومحلول الملح اللزج، من أجل زيادة مقاومة الضغط. ولكن عندما يشكل الطين الناتج عن عملية الحفر مشكلة في النفق، فإن حواجز مائية مؤقتة توضع فوقه، وتتدلى منها أنابيب، تحقن بخليط من الأسمنت القاعي الملحي، الذي يتحول بعد جفافه إلى حاجز منيع للماء. أما الماء الذي يكون قد ترشح في تلك الأثناء، فيتم ضخه إلى الخارج، ثم نشيد الحواجز المنيعة في وجهه.

أما الأسلوب الثاني الحديث لبناء الأنفاق تحت الماء، فيكون عبر تركيب أجزائها على اليابسة، ثم انزالها إلى قعر الماء، وقد بُني بهذه الطريقة نفق مترو باريس الذي يمر تحت نهر (السين)، في العام 1910، وكذلك نفقاً شیزابیت باي، "ایجرود" في أمستردام، وتتطلب هذه الطريقة بناء أجزاء النفق التي تكون مصنوعة من الأسمنت أو المعدن، ويبلغ طولها نحو 200 قدم، ثم انزالها في الماء فوق أثلام محفورة.

تكون الخطوة التي تلي ذلك بإزالة الأبواب الحاجزة المؤقتة ما بين أجزاء النفق، ثم تلحيم المفاصل بعضها ببعض. وتملأ الأثلام بالإسمنت حتى يثبت النفق أكثر، وكذلك تنشط الدعامات الارتكازية من أجل معادلة ثقل النفق عند كل أجزائه.

وقد أستعملت هذه الطريقة في البناء لأول مرة في نفق روتردام بهولندا حيث وضعت كل قطعة من النفق فوق أربع ركائز. وقد حملت هذه الركائز رؤوساً مزيفة ومجوفة، وبعد إنزال قطعة النفق تحقن هذه الرؤوس بمادة الأسمنت فترتفع على على النفق المطلوب.