سبق وأن ذكرنا ان التهاب المسالك البولية الميكروبية أكثر أمراض الجهاز البولي انتشارا ومن أكثر الامراض الميكروبية حدوثا ، ربما لا يتفوق عليها ويتجاوزها سوى نزلات البرد والزكام ، ولكن تأثيرها يختلف كثيرا من مريض لأخر والمحك هو، هل أصحاب الالتهاب الكلى أم اقتصر علي المسالك البولية السفلى ؟ من أخطر ما يحدث في هذا المرض وصول الميكروب الي الدم . ويحدث هذا كثيرا بعد استعمال ادوات وألات تدخل في المثانة وحوض الكلى . مما يفعله كثيرا متخصصو المسالك البولية ، ويحث في الاطفال أكثر كثيرا من الكبار حيث قد يترك الطفل بكلية ضامرة ، خاصة اذا كان هناك عيب خلقي أو مكتسب بالمسالك البولية ، مثل وجود ارتجاع البول الكلى من عدم كفاءة صمام أسفل الحالب . وقد يؤدي التهاب الكلى الميكروبى إلى تسمم الحمل وتشوهات الجنين كما يسبب أحيانا فقدا زائدا للصوديوم من الجسم . بتقدم سير المرض تنخفض كفاءة الكلى تدريجيا ويصاب المريض بالفشل الكلوي .