عندما تدخل النفق نحو خمسة آلاف عربة، بين سيارة، وشاحنة، وباص، بالساعة الواحدة، فإن من الضروري التخلص من الدخان الذي تفرزه هذه العربيات، والذي يحتوي على غاز الكربون الأحادي الأكسيد الضار للصحة والطريقة الوحيدة لذلك هي بالتهوئة الصناعية. وتتطلب الأنفاق ذات الاتجاهين نحو 150 قدم مكعب من الهواء النظيف بالدقيقة الواحدة: فيها تحتاج الأنفاق الرباعية الاتجاه إلى ضعف هذه الكمية.

وكان أول نفق يستخدم وسيلة التهوية الصناعية هو نفق هولندا في نيويورك، والذي أنشأ في العام 1927. ويمر هذا النفق المزدوج، البالغ طوله 1.6 ميلاً، تحت نهر اهنسون، بين مانهاتن ونيوجرسي، على عمق 93 قدماً، وتتولى أربعة أبراج لتوليد الهواء الصناعي (اثنان عند كل جهة من النهر) مهمة دفع الهواء النقي عبر شقوق في النفق باتجاه اقنية تمتد تحت كل أرضية طريق. ويدخل الهواء هذه الأقنية بسرعة 60 ميلاً بالساعة، حيث يتجه نحو ممرات واسعة على طول النفق، ويتسرب الهواء، عبر نظام للهواء الصاعد من خلال فتحات على جانبی الطريق.

وتخضع هذه الفتحات للتحكم عبر نقطة التحكم المركزية من أجل تحديد كمية الهواء الضرورية بحسب كثافة السير، وكذلك الأمر فإن الدخان المتسرب من السيارات والهواء العفن تشغله فتحات أخرى في سقف النفق، ويمر عبر مداخن باتجاه الأبنية الخاصة بالنفق عند طرفي النهر، ومنها يخرج إلى الجو. وفي ساعة الزحمة، يغير هذا النظام الهواء في النفق كل 1.5 دقيقة.

وهناك وسائل اخرى لتهوئة الأنفاق، مثل النظام الطولي، الذي يعمل به نفق "سانت كلاود" في باريس، والذي يسحب الهواء عبر فتحات في طرفي النفق، ثم يدفعه إلى الوسط عبر مراوح ضخمة.

وهناك نظام آخر يستخدمه نفق "مرسي"، في ليفربول، انكلترا، ويتركز علی إدخال الهواء عبر الإطراف (كما في نفق هولندا)، فيما يتسرب الهواء العفن عبر فتحات للتهوئة في نهايتي النفق. أما نفق "فلسن"، في هولندا فيعمل بحسب نظام دفق الهواء المتعاكس، بحيث تكون المراوح الدافعة للهواء والشافطة له موجودة عند طرفي النفق المتقابلين.