من اهم مظاهر هذا المرض تكرار الالتهاب الميكروبى بعد تمام الشفاء ، ويكون الالتهاب الجديد في أكثر من 80% من الحالات من فصيلة أخري من الميكروب غير الميكروب الذى تم القضاء عليه . يحدث الالتهاب المتكرر خاصة في الاولاد المصابين بانسداد خلقي فى المسالك البولية ( وقد يكون الالتهاب فيهم مميتا ) ويكثر في النساء ، اللواتي يعاودهن الالتهاب مرة بعد مرة حتى يحدث الفشل الكلوي ، ويسبب لهن الوفاة عادة من سن 40_60 سنه . 

   يتلخص علاج التهاب المسالك البولية والكلى الميكروبي في فصل الميكروب المسبب للمرض بمزرعة البول واختبار حساسيته لمضادات الميكروبات، ثم إعطاء المريض المضاد المناسب للفترة المناسبة . علاج التهابات المسالك البولية السفلى (التهاب المثانة مثلا ) يكفيه علاج لمدة ثلاثة أيام أما في التهاب الكلي الميكروبى فينبغي علي الطبيب تخير مضاد من الصنف القاتل للميكروبات . إذا أثبتت مزرعة البول أن هناك عددا كبيرا من المضادات فعالة علي الميكروب فمن واجب الطبيب تخير أقلها سمية علي الجسم وأقلها في الأعراض الجانبية ، وأيسرها في التناول ( يختار المضاد الذى يعطى بالفم وليس الذي يعطى زرقا في الوريد مخففا في محاليل علي سبيل المثال )، والذى يعطى مرة  واحدة كل 24 ساعة أفضل من ذلك الذي يعطى كل 3ساعات وأخيرا علي الطبيب أن يختار _ إذا تساوت كل هذه _ الشروط _ أرخصها ثمنا ، مثلا التهاب البسيط ، بدون 

   مضاعفات، المتسبب من باسيل القولون ، الذى يقابله الممارس في سيدة في المجتمع ، يكفيه العلاج لثلاثة أيام فحسب ب "كوترايموكسازول" الذى لا يكلف المريضة سوى جنيه  أو اثنين ، مثل هذا لالتهاب البسيط المتسبب من ميكروب بسيط حساس لكافة مضادات الميكروبات من الخطأ أن يعالجه الطبيب بعقار ثمنه 100 جنيه يعطى زرقا بالوريد في محاليل كل 6 ساعات (تكلفة 400 جنيه ) لمدة عشرة أيام (تكلفة 4000جنيه ) .

  إذا قابل الطبي مريضا يشكو من نوبات متكررة من الالتهاب فواجبه الاول استبعاد اي مرض يستدعي التدخل الجراحي قبل أن يعاود علاجه بمضادات الميكروبات . قد يحتاج المريض لإزالة حصوة أو استئصال بروستاتا أو توسيع قناة مجري البول او خلافة. ثانيا العدوي بالمستشفيات كثيرا ما تسببها ميكروبات صعبة العلاج (مثل بسودوموناس أو كلبسيلا) او لديها مقاومة لمضادات الحيوية المألوفة وتحتاج للعلاج بمضادات حيوية منتقاة بعناية في ضوء الأسس السابقة توضيحها ،  وهذه المضادات مرتفعة الثمن في الاغلب . واخيرا المرضي الذين ثبتت لديهم قسطرة في المثانة ( لاحتباس مزمن في البول او لمرض في اعصاب المثانة ) كان من الشائع أن يوصف لهم مضاد للميكروبات علي سبيل الوقاية من حدوث الالتهابات . ثبت أن وصف المضاد لا يجدي في الوقاية ويربى ميكروبات تتحصن ضد تأثيره، والذي أنصح به أن تنتظر حتي تحدث الاعراض (ارتفاع في الحرارة ، قشعريره إلخ )

وعندئذ يعطي مضاد الحيوية لفتره قصيرة لعلاج الالتهاب الذي حدث .